El Museo de Naturaleza y Arqueología de Calakmul se encuentra en el camino para llegar a la zona arqueológica de Calakmul, aproximadamente a 20 kilómetros del poblado de Conhuas. Es un pequeño museo pero muy atractivo para visitar antes de llegar a la zona arqueológica, conviene utilizarlo como punto de abastecimiento de comida y agua.

Exhibe valiosas piezas históricas que comprenden material rodante, artículos diversos de uso en el ferrocarril de antaño, fotografías, mobiliario, indumentaria, entre otros. Destaca el hecho de que se presentan para su estudio, tres épocas del desarrollo del ferrocarril. La primera de 1880 a 1928 representada por la Locomotora a vapor No. 34. La segunda de 1928 a 1950 representada por las Locomotoras a vapor No. 204 y 205 y la tercera de 1950 a 1972 con las Locomotoras accionadas por Diesel No. 606 restaurada por el personal de FEGUA para su exhibición. Sobresalen entre los materiales de arrastre los Coches Ejecutivos: “Guastatoya” de 1896 (época 1), “Managuá” Coche ejecutivo de 1896 (época1) y “Michatoya” de 1938 (época 2) estos tres equipos estaban al servicio de los presidentes y otros Ejecutivos de la Interantional Rail Ways of Central América IRCA, también fue utilizado por los Presidentes de la República de esa época.

Cuenta con varios ejemplares de animales que vivieron durante la era cenozoica en este país, tales como mastodontes, perezosos y armadillos gigantes entre otros. También cuenta con una colección de objetos arqueológicos procedentes de la cultura maya de la región.

Un paseo por su interior provoca la sensación de que el tiempo se detuvo, pero basta con acercarse a apreciar alguno de los objetos que exhibe el museo para iniciar un viaje imaginario al pasado de esta ciudad o simplemente satisfacer la curiosidad. Tras subir una serie de escalinatas de madera se llega a un corredor con varias puertas que comunican a las distintas salas, cada una dedicada a un área específica de la historia, pero cualquiera de éstas es una buena opción para iniciar la ruta. Existen ambientes donde se muestran piezas de la época prehispánica, de la creación del Sexto Estado, de la Independencia de Guatemala, fotografías, documentos y también una colección de animales disecados de la región, especies de plantas, entre otros elementos naturales de este territorio.

Tiene como objetivo principal la difusión de las prácticas curativas tzotzil-tzeltal en el estado de Chiapas. Formado por una diversidad de ambientes museográficos que recrean los usos de esta medicina tradicional, además de la práctica y recursos terapéuticos utilizados por los Jilol (pulsador), Koponej witz (rezador de los cerros), Tzakbak (huesero), Jvetome (partera) y Acvomol (hierbero). El discurso museográfico se desarrolla mediante seis ambientes o salas y un huerto demostrativo, que contiene un número importante de plantas medicinales. En 1998 el Museo de la Medicina Maya recibió el Premio Nacional de Museografía Miguel Covarrubias, por parte del Instituto Nacional de Antropología e Historia.

Ubicado en lo que fue el convento de La Merced, se encuentra éste maravilloso e interesante museo de una resina fósil que, ha servido como ícono e inspiración de los Artesanos Chiapanecos: El Ámbar, la gema más característica de Chiapas. Mineros, artesanos y comerciantes del municipio de Simojovel tuvieron la iniciativa de crear este espacio de exhibición y venta de tan apreciada joya Chiapaneca; cuyos temas, contenidos y colecciones, fueron construidos a partir de sus ideas, experiencias, aportaciones y enriquecedoras propuestas. En los diferentes espacios se le muestra a los visitantes el Ámbar desde su origen, países donde existieron y existen yacimientos, cómo se formó, cómo se extrae, todos los usos prehispánicos y actuales. Cuenta con más de 300 piezas en exhibición, tanto en bruto como piezas que han elaborado los artesanos y han sido acreedoras a premios en el concurso estatal de ámbar.

En una casona de finales del siglo XIX en donde se aloja el Museo Na-Bolom (“La Casa del Jaguar”) fundado por el arqueólogo danés Frans Blom y la fotógrafa suiza Gertrude Duby en 1950. Exhibe cerámica maya y objetos de uso cotidiano de los lacandones. Cuenta con 16 cómodas y atractivas habitaciones, decoradas cada una de manera diferente, con artesanías de las comunidades indígenas de la Región.

La marimba es un instrumento musical emblemático de nuestra cultura; representa en si mismo, el arte y la sensibilidad que los chiapanecos nos hemos dado a lo largo de los años. La música interpretada en este instrumento tiene aroma de selva y nostalgia por eso la preservamos y la compartimos con todos los pueblos.

La Sala Introductoria a Chichén Itzá forma parte de un parador turístico que fue proyectado y construido por el arquitecto Teodoro González de León en 1985, el cual se inauguró en marzo de 1987. Durante la construcción del inmueble, arqueólogos al servicio del Instituto Nacional de Antropología e Historia realizaron un salvamento en el cual registraron antiguos espacios habitacionales.
Durante dos décadas, la actual Sala Introductoria fue Museo de Sitio, contuvo diversas piezas arqueológicas provenientes de las exploraciones que por más de un siglo han sido efectuadas en Chichén Itzá. El acervo de ese antiguo Museo de Sitio se distribuyó entre otros repositorios de Mérida, la ciudad de México y otros lugares. Algunas piezas del acervo también se encuentran en condición de préstamo en exposiciones nacionales e internacionales.
Actualmente, la Sala contiene fotografías de la zona arqueológica, con explicaciones para preparar la visita: la historia del sitio, las características de sus monumentos y las labores de rescate. En la Sala también se llevan a cabo exposiciones temporales sobre arqueología maya.

El museo de sitio, obra del arquitecto Fernando González Gortázar, fue concebido como un conjunto disgregado entre la selva, que corresponde claramente al lugar donde fue construido, pero utiliza un lenguaje contemporáneo. En él se exhiben aproximadamente 700 piezas arqueológicas e históricas, que resumen tres mil años de desarrollo de la cultura maya.
Está conformado por cuatro salas de exhibición:
1.- Pérgola de los monolitos. Muestra esculturas prehispánicas monolíticas de Yucatán, Campeche y Quintana Roo, a la vera de un sendero que recorre un jardín de plantas nativas.
2.- Arqueología maya. Dedicada a la época prehispánica, contiene elementos cerámicos y arquitectónicos procedentes de Chiapas, Campeche y el propio Yucatán, dispuestos de manera que ilustren temas como el concepto maya del universo, el surgimiento del hombre, la relación hombre-naturaleza, los dioses, la estratificación social, la pintura, la escritura, la especialización en el trabajo y la cuenta del tiempo.
3.- Historia de Dzibilchaltún. Contiene piezas encontradas en la zona durante las excavaciones arqueológicas. También se ocupa del contacto con los españoles y la conquista del pueblo maya, la época virreinal y la formación de la identidad yucateca.
4.- Solar maya. Área anexa en la que se edificó una vivienda típica del ámbito rural maya empleando técnicas, materiales y mano de obra tradicional.